De sa création à maintenant, l'IER a su nouer un partenariat diversifié à la fois ouvert aux structures nationales, sous régionales et internationales de recherche (en particulier les centres internationaux de recherche agricole, les universités) et aux organisations du monde rural.

Sa raison d’être est d’améliorer la productivité agricole, accroître la sécurité alimentaire et le revenu des agriculteurs et assurer un développement rural durable pour faire du secteur rural le moteur de la croissance économique du pays.

En tant que telle, les missions qui sont assignées à l'IER sont les suivantes :

•  La conception et la mise en œuvre des activités de recherche ainsi que des études au service du développement agricole ;
•  La mise au point des technologies appropriées pour l’accroissement de la production et l’amélioration du monde rural ;
•  L’appui technique pour le développement agricole ;
•  La formation et l’information scientifique et technique du personnel ;
•  La diffusion des résultats de recherche et d’études ;
•  La réalisation de prestations de service dans les domaines relevant de sa compétence.

•  La recherche-développement pour une agriculture durable. Ce champ couvre plusieurs domaines tels les filières agricoles et animales, les productions forestières, la gestion des ressources naturelles, les technologies alimentaires, l’économie rurale, le machinisme agricole ou l’organisation du monde rural ;
•  La formation dans les domaines précités pour les divers acteurs du développement rural ;
•  Des prestations diverses : analyses de laboratoire, études, évaluation, documentation.

Fort d'un effectif de personnel scientifique expérimenté de plus de 160 chercheurs et chercheuses, l'IER dispose d'un bilan des trente (30) dernières années de recherche. Plusieurs des résultats de ses recherches ont fait l’objet d’application sur le terrain. Ils ont permis d’améliorer la productivité et le revenu des agriculteurs dans plusieurs domaines (productions végétales, animales) et de tracer les voies d’un développement durable.

S'appuyant ainsi sur les femmes et les hommes de cet organigramme, l'IER s’organise pour améliorer davantage ses prestations et répondre aux besoins sans cesse croissants des producteurs et productrices. Dans ce contexte, il ambitionne de mener :

•  Plus de recherches prospectives sur le développement rural ;
•  Des actions de recherche en biotechnologie ;
•  Des actions de promotion des technologies générées.